W momencie, gdy Niemcy rozpoczęli poszukiwania i rejestrację rannych oficerów WP, zostaje przewieziony do Milanówka. Tam przechodzi 4-miesięczną rehabilitację. Chodząc jeszcze o kulach, rozpoczyna działalność konspiracyjną. Od wiosny 1940 r. był już zaangażowany w działalność Związku Odwetu (ZO) - organu walki bieżącej wydzielonego do działań sabotażowo-dywersyjnych ze Związku Walki Zbrojnej (ZWZ). W ramach ZO, którego oficerem operacyjnym i zastępcą komendanta jest kpt. Jan Wojciech Kiwerski ("Oliwa", "Rudzki"), opracowuje instrukcje sabotażu i dywersji pomocne do nauki techniki saperskiej, wykonuje prace związane z dywersją kolejową, m.in. rozpracowuje pod względem możliwości dywersyjnych warszawski węzeł kolejowy. Jednocześnie utrzymuje kontakty z hm Aleksandrem Kamińskim i pierwszym komendantem Chorągwi Warszawskiej Szarych Szeregów, hm Władysławem Dehnelem ps. "Feliksiak". W okresie 1941-1942 pracuje jako magazynier w fabryce obuwia "Elka" ("Liner-Kaczyński") przy ul. Stawki. Ukrywał tam broń, odbywając także na terenie fabryki spotkania konspiracyjne. Następnym miejscem jego pracy od 1942 r. było przedstawicielstwo Fabryki Okuć Meblowych "Fema", mieszczące się przy ul. Moniuszki 4. Pełni tam jednoosobowo różne funkcje (dyrektora, sekretarza, buchaltera, a nawet sprzątacza), wykorzystując pomieszczenie jako lokal kontaktowy. Po aresztowaniu rodziny Błońskich w nocy z 2 na 3 listopada 1942 r. w ich mieszkaniu przy ul. Brackiej 23 (syn Błońskich, Jan ps. "Sum", a jego szwagier, działał w konspiracji, początkowo w organizacji "PLAN", następnie związany z Organizacją Małego Sabotażu "Wawer", zorganizował w mieszkaniu i piwnicy domu laboratorium chemiczne oraz magazyn materiałów sabotażowych), zostaje "spalony", i wówczas jego lokalem kontaktowym staje się mieszkanie Zofii Kreczmar przy ul. Stalowej 13, kuzynki Eugeniusza Koechera ps. "Kołczan". Działając w ZO współpracuje z Szarymi Szeregami. Pełni funkcję referenta d/s wojskowych przy "Nowaku" (Florian Marciniak) - Naczelniku Szarych Szeregów. Po utworzeniu w listopadzie 1942 r. Grup Szturmowych i powołaniu jesienią tego roku Kedywu Komendy Głównej Armii Krajowej, przejmującego Oddziały Dyspozycyjne ZO, zostaje z ramienia Kedywu dowódcą wojskowym około 300-osobowego Oddziału Specjalnego "Jerzy" (OS "Jerzy") - utworzonego z harcerzy warszawskich Grup Szturmowych. Jego zastępcą, a zarazem komendantem harcerskim z ramienia Chorągwi Warszawskiej ("Ul Wisła") Szarych Szeregów był Tadeusz "Zośka" Zawadzki, zaś oddział w nomenklaturze harcerskiej nosił kryptonim OS "Wisła". "Jerzy", odpowiedzialny za szkolenie dywersyjne oddziału, w porozumieniu z "Zośką" organizuje i przeprowadza kursy dywersyjne (kurs "Wielkiej Dywersji" - WD). Pierwszy z nich odbywa się w Podkowie Leśnej. Egzaminem są akcje zbrojne pod Kraśnikiem w województwie lubelskim i pod Radomiem, przeprowadzone w nocy z 31 grudnia 1942 r. na 1 stycznia 1943 r. ("Akcja sylwestrowa"). Dowodzi patrolem dywersyjnym, w skład którego wchodzą m.in. "Zośka" i "Rudy" (Jan Bytnar), w akcji wysadzenia pociągu pod Kraśnikiem. Udana i wzorowo przeprowadzona akcja staje się punktem zwrotnym w historii warszawskich Grup Szturmowych. Równocześnie z konieczną dyscypliną wojskową i konspiracyjną zawiązuje się między nim, dowódcą oddziału - a funkcyjnymi żołnierzami, z którymi ma kontakty służbowe, prawdziwa przyjaźń. Jego dom, zmieniający często swój adres, staje się domem kadry oddziału, gdzie rozważa się różne problemy, skąd wychodzi się często na akcje. Niezależnie od dowodzenia warszawskimi Grupami Szturmowymi, podporządkowano mu GS-y na terenie całego kraju. Stanowiły one pomoc i bazę przy akcjach odbywających się poza Warszawą. Po przeprowadzonej z inicjatywy "Jerzego" 2.02.1943 r. akcji, mającej na celu ewakuację materiałów konspiracyjnych z zaplombowanego przez Gestapo mieszkania pp Błońskich - po ich aresztowaniu, dalsze jego pozostawanie w Warszawie stało się niemożliwe (zdekonspirowany podczas akcji przez lokatorów kamienicy). Zatrzymuje się na krótko w mieszkaniu rodziców na Saskiej Kępie przy ul. Berezyńskiej 37, skąd następnie wyjeżdża do Brzozówki koło Kobyłki pod Warszawą, gdzie zamieszkał w willi historyka prof. Marcelego Handelsmana. Ten z kolei, zmuszony wcześniej do ukrywania się, zamieszkał od lipca 1942 r. w Milanówku. W Kobyłce mieszka z najbliższą rodziną prawie pół roku, utrzymując kontakty służbowe przez swoją łączniczkę Wandę Różewicz ps. "Kropka", "Wanda". Po wyrobieniu nowych dokumentów na nazwisko Andrzej Czeczotka, przeprowadza się do kolegi z Wydziału Architektury, Jerzego Berowskiego ("Czesław Szczerba") na ul. Kawczą 5 na Grochowie. Mieszkanie było wyposażone w kilka skrytek na broń, a nawet wielką skrytkę mogącą pomieścić ludzi, z tylnym wyjściem ewakuacyjnym na sąsiednią ulicę. Mieszkanie spełniało także rolę lokalu kontaktowego. Pracował wówczas w zakładach "Junkers", dojeżdżając codziennie do pracy na rowerze. Od marca 1943 r. uczestniczy w I Kursie Kształcenia Harcmistrzów o kryptonimie "Charyzma", na który uczęszcza m.in. ze swoim zastępcą "Zośką" i "Czarnym Jasiem" (Jan Wuttke). Uzyskuje stopień harcmistrza nadany ze starszeństwem z 15.08.1943 r. W tym czasie uczestniczy w przygotowaniach do akcji "Taśma" (seria ataków na strażnice Grenzschutz na wschodniej granicy Generalnego Gubernatorstwa). Wraz z mjr Kiwerskim był obserwatorem uderzenia w Sieczychach 20.08.1943 r. Akcja ta, choć udana, okupiona została wielką stratą: zginął w niej zastępca "Jerzego" - "Zośka". Po podjęciu decyzji o utworzeniu z warszawskich Grup Szturmowych batalionu o strukturze całkowicie wojskowej (odprawa z 24.08.1943 r. przy ul. Szopena, z udziałem mjr. "Rudzkiego" Kiwerskiego,
"Piotra Pomiana", "Orszy" Stanisława Broniewskiego, "Wacka" Jana Rossmana i "Jerzego"), powstaje jednostka, w której w miejsce hufców i drużyn utworzone zostają kompanie i plutony. Następuje intensywne szkolenie kadry dowódczej i żołnierzy baonu (m.in. kursy dowódców kompanii, niższych dowódców, instruktorów broni) Jako dowódca batalionu wymaga od swoich żołnierzy normalnej nauki szkolnej i wraz z "Pasieką" (Kwatera Główna Szarych Szeregów) stwarza odpowiednie warunki dla niej (batalionowe liceum, subsydiowane przez Kedyw KG - komplety prowadzone przez profesorów Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego). Od stycznia 1944 r. współpracuje z szefem "Pasieki" - "Piotrem Pomianem", oddelegowanym w charakterze wizytatora Kwatery Głównej Szarych Szeregów do batalionu "Zośka", z zadaniem sprawowania opieki wychowawczej nad żołnierzami. W końcu maja 1944 r., jako dowódca baonu zostaje równocześnie zastępcą dowódcy "Deski 81" (Dywersja i Sabotaż Kolejowy) dowodzonej przez dawnego kolegę sapera kpt. "Jana" (Jan Kajus Andrzejewski). Do wybuchu Powstania Warszawskiego żołnierze, którymi dowodził przeprowadzili ponad 30 akcji bojowych (akcje kolejowe, odbijanie więźniów, zdobywanie materiałów potrzebnych do prowadzenia walki, akcje represyjne i osłonowe, podejmowanie zrzutów, akcje zaopatrzeniowe). W czerwcu 1944 r. dokonuje ostatniej reorganizacji batalionu "Zośka". 19.07.1944 r., uzyskawszy informacje o prawdopodobnej prowokacji, w czasie ostatniej odprawy odwołuje akcję "Pawiak" - na kilka godzin przed jej rozpoczęciem.