Szlak bojowy:
Śródmieście Północ. 1 sierpnia 1944 r, przed godziną "W" spowiadał młode sanitariuszki Wyższej Szkoły Pielęgniarek. Miał przydział do oddziałów koncentrujących się w gmachu Sądów Grodzkich na Lesznie. Po wyspowiadaniu dziewcząt udał się w kierunku wyznaczonych jednostek. Po drodze, w Alejach Jerozolimskich, zatrzymali go jednak akowcy ppor. Bolesława Niewiarowskiego, ps. "Lek". Kiedy zobaczyli, że mają przed sobą księdza, poprosili, aby został ich kapelanem. Zaczęli rozmawiać, a jeden z młodych żołnierzy ps. "Rola"- pochwalił się swoim pistoletem. Broń okazała się niezabezpieczona i wypaliła. Powstaniec ciężko ranny upadł na ziemię w kałuży krwi. Wypadek tak wstrząsnął ks. "Badurem", że postanowił zostać z oddziałem "Leka" i zastąpić tragicznie postrzelonego powstańca. Poprosił dowódcę o przyjęcie do jednostki i przyjął pseudonim żołnierski "Rola II" dla upamiętnienia postrzelonego chłopca. Ks. Czajkowski brał udział w zdobyciu kolejnych kamienic w Alejach Jerozolimskich i silnie bronionego gmachu Zarządu Wodociągów i Kanalizacji na placu Starynkiewicza. W walkach wyróżniał się odwagą i pomysłowością. Ranny w jednej z akcji ppor. "Lek" mianował go swoim zastępcą. Po dwóch tygodniach Powstania, gdy do oddziału zgłaszali się nowi ochotnicy, ks. "Badur" postanowił powrócić do swoich pierwotnych zadań, nadal bowiem odczuwalny był brak kapelanów. Po zgłoszeniu się do ks. płk. "Biblii", 14.08.1944 r. ks. Czajkowski otrzymał awans do stopnia kapitana i przydział jako kapelan zgrupowania "Chrobry II", a więc do oddziałów, z którymi walczył do tej pory. 30 sierpnia 1944 r. ok. godz. 13 został śmiertelnie ranny kapral "Generał" (Mirosław Biernacki). Następnego dnia odbył się uroczysty pogrzeb "Generała", ceremonię odprawił kapelan zgrupowania "Chrobry II", ks. kpt Antoni Czajkowski "Badur".
Losy powojenne:
Po zakończeniu wojny zgłosił się do generalnego dziekana WP ks. Stanisława Warchałowskiego, jednak ze względów zdrowotnych zrezygnował z pracy kapelańskiej. Od marca do września 1945 r. student KUL, gdzie uzyskał tytuł magistra praw. Zamieszkiwał w tym czasie w Żdżarach, następnie skierowany do Guzowa koło Żyrardowa, gdzie pracował jako kapelan i prefekt do czerwca 1946 r., dojeżdżając do Warszawy na studia prawa kanonicznego na Wydziale Teologicznym UW. Po zatargu z sekretarką koła PPR oraz ostrzeżeniach pracownika żyrardowskiego PUBP, opuścił Guzów. W lipcu otrzymał roczny urlop, bez przydziału do parafii, będąc poważnie chorym. Trzy tygodnie spędził na Dolnym Śląsku, potem w Płonce Kościelnej koło Łap. Więziony w latach 1947-1953, odbywał karę więzienia w najcięższym więzieniu politycznym we Wronkach. W sierpniu 1946 r. duchowny osiadł w stronach rodzinnych, w parafii Płonka Kościelna, u swego znajomego sprzed wojny, proboszcza ks. Czesława Rogalskiego. W pracy duszpasterskiej nakłaniał ludność do ujawniania się i zaprzestania walk zbrojnych. Ks. Antoni Czajkowski w 1947 r. został oskarżony i skazany za kontakt z oddziałem "Huzara". Przesądziła o tym znajomość nawiązana podczas powstania warszawskiego z Witoldem Pileckim (ówcześnie w 1 kompanii "Warszawianka" - oddział NSZ w zgrupowaniu "Chrobry II"), z którym zetknął się 3 sierpnia 1944 r. w gmachu Wojskowego Instytutu Geograficznego. Aresztowany został 11 czerwca 1947 r. w warszawskim szpitalu Dzieciątka Jezus przez funkcjonariuszy MBP, na fali aresztowań grupy Pileckiego. Przetrzymywany najpierw w więzieniu MBP przy ul. Koszykowej, od 25 lipca w więzieniu Warszawa-Mokotów, przy ul. Rakowieckiej. Przesłuchiwany był przez oficerów śledczych MBP - p. o. naczelnika V Wydziału V Departamentu Stanisława Jankowskiego oraz Mariana Krawczyńskiego (postanowienie o tymczasowym aresztowaniu wydał wiceprokurator Naczelnej Prokuratury Maksymilian Lityński, zaś przedłużył areszt zastępca naczelnego prokuratora wojskowego, Henryk Podlaski). Śledztwo oficjalnie zamknięto 19 grudnia (postanowienie o pociągnięciu do odpowiedzialności karnej oraz akt oskarżenia sporządził Krawczyński, zatwierdzone następnie przez kierownika Sekcji III Wydziału II Departamentu Śledczego MBP Bronisława Szymańskiego, naczelnika Wydziału II Departamentu Adama Humera oraz wiceprokuratora NPW Mieczysława Dytry). Ks. Czajkowski oskarżony został o: reorganizację oddziałów WiN (Zrzeszenia "Wolność i Niezawisłość"), na polecenie Pileckiego, w komórki wywiadowczo-propagandowe, przekazywanie tajnych informacji Pileckiemu, jako rezydentowi wywiadu, członkostwo w WiN w oddziale "Huzara" i rozpowszechnianie prasy podziemnej. Rozprawa sądowa odbyła się przed warszawskim Wojskowym Sądem Rejonowym 5 lutego 1948 r. (w składzie - przewodniczący Roman Abramowicz, ławnicy Władysław Nowicki, Edmund Kubasiński, pod nieobecność prokuratora, adwokat Jan Palatyński). W toku rozprawy ks. Czajkowski przyznał się do przenoszenia prasy oraz instrukcji od Pileckiego, jednak w celu doprowadzenia do ujawnienia oddziału "Huzara". Zaprzeczył także, by przekazywał ludziom "Huzara" "Wskazówki odnośnie sieci obserwacyjno-informacyjnej", dołączone jako dowody rzeczowe do akt śledztwa. Był to ciąg dalszy instrukcji, wedle zeznań torturowanego w śledztwie Pileckiego przekazanych przez niego również ks. Czajkowskiemu. Kolejna rozprawa odbyła się 17 lutego. Jako świadkowie obrony zeznawali: ks. Rogalski oraz Bronisław Perkowski, były członek WiN w pow. wysokomazowieckim, podkręcając wpływ księdza na ujawnianie się żołnierzy podziemia. W drugiej rozprawie zeznawał także Pilecki, doprowadzony z Mokotowa, który zaprzeczył, by dawał duchownemu wskazówki do tworzenia sieci wywiadowczej. W wyroku sąd podzielił zdanie oskarżenia i skazał ks. Czajkowskiego za: 1) udział w WiN na jedenaście lat więzienia, na mocy art. 86 § 1 i 2 Kodeksu Karnego Wojska Polskiego (usiłowanie przemocą usunięcia ustanowionych organów władzy oraz zmiany ustroju Państwa), a także na utratę praw na pięć lat i przepadek mienia, 2) za przekazywanie Pileckiemu jako rezydentowi wywiadu tajemnic państwowych, na karę jak wyżej, na mocy art. 13 § 2 (wejście w porozumienie z innymi osobami dla dokonania zamachu gwałtownego, sabotażu, przekazywania tajemnic na szkodę Państwa) Dekretu o przestępstwach szczególnie niebezpiecznych w okresie odbudowy Państwa (mały kodeks karny). Łączna kara opiewała na 22 lata. Osadzony został z powrotem w więzieniu mokotowskim i wykorzystany następnie w procesie grupy Pileckiego. Podczas własnej rozprawy i współtowarzyszy 3 i 11 marca Pilecki zaprzeczył, by był rezydentem wywiadu, podkreślając żołnierski charakter służby. W procesie tym zeznawał ks. Czajkowski jako świadek oskarżenia, zmuszony wcześniej do podpisania fałszywych protokołów. Skargę rewizyjną do Najwyższego Sądu Wojskowego złożył 28 lutego adwokat, podnosząc iż duchowny nie był członkiem WiN, nie przekazywał wiadomości wywiadowczych, także w formie instrukcji, a usiłował doprowadzić do ujawnienia oddziałów. NSW postanowieniem z 24 marca (w składzie - przewodniczący sędzia Kazimierz Drohomirecki, sędzia-sprawozdawca Leo Hochberg, sędzia Roman Kryże, z udziałem wiceprokuratora NPW, Szwajga Rubina), utrzymał wyrok w mocy, pomijając szczegółową kwestię instrukcji wywiadowczej, zaś za ważny dowód uznając zeznania ks. Czajkowskiego, iż nie brał udziału w konspiracji w 1947 r. i nie ujawnił się w okresie amnestyjnym będąc chorym, co świadczyć miało o jego nielegalnej działalności w latach 1945-1946. 7 lipca 1948 r. ksiądz wystosował prośbę o łaskę do Bolesława Bieruta, jako prezydenta RP. W przekazanej wraz z prośbą opinii naczelnik więzienia określił go jako niezdyscyplinowanego i nieposłusznego. WSR w Warszawie (w składzie - przewodniczący Jan Hryckowian, sędziowie Józef Badecki, Zbigniew Furtak, prokurator Mieczysław Dytry) postanowieniem z 12 sierpnia pozostawił prośbę bez dalszego biegu. 14 lipca ks. Czajkowski przeniesiony został do więzienia we Wronkach, gdzie przebywał do 1953 r. Na wniosek prokuratora generalnego PRL, WSR w Warszawie 9 października 1953 r. udzielił ks. Czajkowskiemu przerwy w karze na okres roku. Zwolniony został 23 października 1953 r.
Czas ten wspominał następująco: "Przesiedziałem w najcięższym więzieniu politycznym we Wronkach więcej niż mi się należało 16 miesięcy i 13 dni, na co ma decyzję Zgromadzenie Sędziów Najwyższego Sądu Wojskowego. W więzieniu straciłem zdrowie i leczę się do dziś. Przy aresztowaniu zabrano mi wiele rzeczy i nic nie zwrócono, nawet zegarka. Pisałem o odszkodowanie do generalnej prokuratury, do Ob. Władysława Gomułki, do Komitetu Centralnego Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej. I nadal wierzę w praworządność socjalistyczną, że za stracone zdrowie w więzieniu jakaś ulga się należy. Słusznie Ob. Gomułka powiedział: "Krwi przelanej za Polskę nie wolno dzielić według jakiegokolwiek klucza partyjnego". Po wyjściu z więzienia nawiązał kontakt z Komisją Duchownych i Świeckich Działaczy Katolickich przy stołecznym Komitecie Frontu Narodowego, uzyskując poręczenie Komisji dla potrzeb sądu. Postanowieniem WSR w Warszawie z 13 września 1954 r. uzyskał kolejną przerwę w odbywaniu kary na okres jednego roku, ze względu na ciężki stan zdrowia. 20 grudnia naczelny prokurator wojskowy wniósł do Zgromadzenia Sędziów NSW wniosek rewizyjny, na korzyść ks. Czajkowskiego, proponując uchylenie zarzutu o wejście w porozumienie w celu dokonania zbrodni stanu ( art. 13 § 2 mkk). Zgromadzenie 19 stycznia 1955 zmniejszyło łączną karę do lat dziesięciu, pozostawiając zarzut z art. 86 § 2 kkWP, zaś z uwagi na stan zdrowia i zastosowanie amnestii z 1947 r., której duchowny podlegał, złagodził karę do lat pięciu, przez co uznano karę za odbytą. W 1958 r. Prokuratura Generalna nie znalazła podstaw do wszczęcia rewizji nadzwyczajnej. Ks. mgr Antoni Czajkowski był proboszczem parafii NMP Wspomożenia Wiernych w Zalesiu Dolnym /koło Piaseczna/ w latach 1956-1967. Ks. Czajkowski objął parafię w listopadzie 1956 r., powołał komisję i wspólnie postanowili przedłużyć kaplicę dobudowując przedsionek od strony szosy i poszerzając prezbiterium, by umieścić normalny ołtarz główny, a także dobudować zakrystię. Rozbudowa i urządzenie nowego wystroju się powiodło. Ks. Czajkowski marzył o zbudowaniu kościoła według zupełnie nowego projektu. Podobno w więzieniu obiecywał sobie, że gdy wyjdzie na wolność to wybuduje kościół. Co roku składał do władz podania o zezwolenie na budowę kościoła, a także plebanii i założenie cmentarza parafialnego. Nie udało mu się jednak zrealizować żadnego z tych planów. W tamtych latach było to po prostu niemożliwe. We wrześniu 1958 r. staraniem ks. Czajkowskiego, na dachu prezbiterium kościoła w Zalesiu Dolnym dobudowano niewielką dzwonnicę na mały, 15-kilogramowy dzwon. W 1959 r. został zawieszony w nowej, 11-metrowej dzwonnicy nowy dzwon im. św. Jerzego. Drugim, bardzo ważnym problemem dla ks. proboszcza Czajkowskiego i całej parafii była katecheza. Nauka religii, usunięta ze szkół na początku lat 50 XX w. , powróciła w roku 1957. Ale już w roku 1958 władze nie pozwoliły księżom i siostrom habitowym nauczać w szkołach. Ks. prob. Czajkowski wiedząc, że oficjalne rozwiązanie problemu może być trudne, kazał obudować cegłą starą drewnianą szopę. Były tam dwie salki: w jednej uczyły się dzieci religii, w drugiej mieściła się biblioteka. W 1967 r. ks. mgr Antoni Czajkowski został przeniesiony przez Kurię Metropolitalną Warszawską na parafię pod wezwaniem Św. Ap. Piotra i Pawła do Przybyszewa, gdzie kierował parafią do 1975 r. Nie miał tu łatwego życia, na zdrowiu odbijał się czas spędzony w więzieniu i przeżycia nie tylko wojenne. Założył kronikę parafialną, która zaginęła. W 1975 r. objął parafię p. w. św. Mikołaja w Dobrem, diecezja Warszawsko-Praska, był proboszczem do 1978 r. Ks. mgr Czajkowski pomagał również przy cmentarzu bródnowskim w stolicy. Od 1978 r. na emeryturze, mieszkał w Domu Księży Emerytów w Warszawie. Nadal jeździł do Zalesia Dolnego, gdzie miał wielu przyjaciół. W latach 80 XX w. ks. mgr Antoni Czajkowski współdziałał z konspiracyjnym Komitetem Katyńskim i Kręgiem Pamięci Narodowej. Krąg Pamięci Narodowej organizował uroczystości patriotyczne w miejscach degradowanych i niszczonych przez komunistów: w Olszynce Grochowskiej, na Cytadeli warszawskiej, gdzie został stracony Romuald Traugutt i członkowie Rządu Narodowego. Ks. Czajkowski z ks. Wacławem Karłowiczem poświęcił kamień węgielny w grudniu 1981 r. pod nowy pomnik katyński w Dolince Katyńskiej na warszawskich Powązkach. Ks. Karłowicz stworzył Zespół Kapelanów Polski Walczącej, który liczył ponad 30 kapłanów (zmarł w 2007 r., w wieku 100 lat).
Ks. Czajkowski był uczestnikiem zwalczanych przez Służbę Bezpieczeństwa uroczystości pod Krzyżem Romualda Traugutta na Cytadeli w latach 1979-85. Brał udział w licznych uroczystościach patriotycznych organizowanych przez środowiska niezależne, odbywał pielgrzymki kombatantów na Jasną Górę, był oddany bezgranicznie kościołowi i ojczyźnie
