Przez 12 lat funkcjonowania Muzeum otrzymało wiele nagród
2005
wydarzenie Muzealne Roku „Sybilla 2004” Grand Prix
srebrne i brązowe medale Zasłużony Kulturze „Gloria Artis”
medal „Pro Memoria”
„Znak na tak” miesięcznika WIK
nagroda „Totus”
Grand Prix w konkursie Stowarzyszenie Przyjaciół Integracji na budynek w stolicy najlepiej przystosowany do potrzeb osób niepełnosprawnych
2006
redakcja Gazety Wyborczej „Co Jest Grane” przyznało Muzeum Powstania Warszawskiego „Wdechę” w kategorii „Miejsce Roku”
THE CEPIF & INTERNATIONAL HERALD TRIBUNE CEE PROPERTY AWARDS 1989—2006, THE BEST OF THE BEST w kategorii Najlepszych Obiektów Użyteczności Publicznej zbudowanych w latach 1989 – 2006
Pozytywne Miejsca Warszawy (Clear Channel)
Perła Honorowa przyznana przez Redakcję Magazynu Ekonomicznego Polish Market, Instytut Nauk Ekonomicznych Polskiej Akademii Nauk i Centrum Informacji Społeczno– Gospodarczej Ministerstwa Gospodarki w kategorii „Krzewienie polskich tradycji i wartości patriotycznych”
Warsaw Insider w kategorii „Best Museum/Gallery”
Nagroda specjalna SARP-u dla Muzeum Powstania Warszawskiego w konkursie Stowarzyszenia Architektów Polskich Nagrody Roku SARP 2005 za wydarzenie kulturalne, społeczne, historyczne i architektoniczne wykraczające poza ramy architektury.
2007
współczesna ikona Warszawy – nagroda w plebiscycie Gazety Wyborczej
III nagroda w Konkursie Wydarzenie Muzealne Roku „Sybilla” 2006 – w kategorii „Publikacje”
nagroda specjalna im. Włodzimierza Pietrzaka za „niezwykłe w formie i treści upamiętnienie Powstania Warszawskiego i przywracanie mu należytego miejsca w historii i świadomości Polaków”
nagroda Mediów Niptel, za stworzenie i promocję Muzeum Powstania Warszawskiego, przyznana Janowi Ołdakowskiemu, dyrektorowi Muzeum;
nagroda dla Muzeum Powstania Warszawskiego w konkursie ART&BUSINESS AWARDS 2007, organizowanym przez fundację „Commitment to Europe art&business”
„Nocne Marki” dla Muzeum Powstania Warszawskiego - plebiscyt „Nocne Marki” redakcji miesięcznika „Aktivist”, nagroda w kategorii „Aktivista roku 2007”
wyróżnienie KLIO przyznawane przez Porozumienie Wydawców Książki Historycznej za Przewodnik po powstańczej Warszawie autorstwa J. S. Majewskiego i T. Urzykowskiego, wydany przez Muzeum Powstania Warszawskiego
2008
nagroda w kategorii „Najlepszy Projekt Rewitalizacyjny” w Europie Środkowo-Wschodniej za rok 2008 w prestiżowym konkursie, corocznie organizowanym przez The CEPIF & International Herald Tribune
wyróżnienie w konkursie „Obsesja papieru i tworzyw 2009”
„Perła w Koronie Mazowsza 2008”
wyróżnienie „Szeroki Pas 2008” za otwarcie Wirtualnego Muzeum Powstania Warszawskiego
wyróżnienie w konkursie „Webstarfestival” za projekt wirtualnego muzeum
2009
wyróżnienie za projekt „Literackie i filmowe gry miejskie”, w konkursie organizowanym przez Mazowieckie Centrum Kultury i Sztuki
„Fotograficzna Publikacja Roku 2008” za wydawnictwo „ppor. Eugeniusz Lokajski ps. Brok”
brązowy medal w międzynarodowym konkursie „ED-Awards” za wydawnictwo „ppor. Eugeniusz Lokajski ps. Brok” (wersja angielska)
wyróżnienie w konkursie „Obsesja papieru i tworzyw 2009”
wyróżnienie "Klio", Muzeum Powstania Warszawskiego zostało uhonorowane nagrodą za album "(Roz)poznaj Warszawę. Nieznane fotografie z rodzinnych archiwów 39-45" (kategoria: varsaviana).
2010
Muzeum Powstania Warszawskiego zostało uhonorowane przez Biskupa Polowego gen. dyw. Tadeusza Płoskiego dyplomem "BENEMERENTI" Ordynariatu Polowego WP. Nagrodę odebrał dyrektor Muzeum Jan Ołdakowski.
8 stycznia Honorowe członkostwo Związku Powstańców Warszawskich z rąk gen. Zbigniewa Ścibor-Rylskiego, Prezesa Związku otrzymali Hanna Gronkiewicz-Waltz, Prezydent m.st. Warszawy oraz Jan Ołdakowski, dyrektor Muzeum Powstania Warszawskiego. Uhonorowanie dla Dyrektora Muzeum, to wyraz szacunku i uznania za osobiste zaangażowanie w powstanie i rozwój Muzeum Powstania Warszawskiego.
wrzesień 2010 - Muzeum otrzymuje nagrodę „Mazowieckie Zdarzenie Muzealne – Wierzba”, przyznawaną przez Urząd Marszałkowski Województwa Mazowieckiego. Muzeum zostało wyróżnione II miejscem za wydarzenie "Warszawiacy śpiewają (nie) ZAKAZANE PIOSENKI” w kategorii „Najlepsza impreza, pokaz, ekspozycja w plenerze – zorganizowana poza terenem muzeum”.
2011
styczeń - VES Award za film „Miasto Ruin” w kategorii „Outstanding Visual Effects in a Special Venue Project” (nominacja)
7 lutego - Redakcja Gazety Wyborczej przyznała Muzeum Powstania Warszawskiego WDECHĘ 2010 w kategorii "Wydarzenie roku" za festiwal warszawski "Niewinni Czarodzieje”, który od 5. lat organizuje Instytut Stefana Starzyńskiego, oddział MPW, zaś koordynatorkami projektu są Dorota Serwa i Agnieszka Szulejewska. To już druga WDECHA przyznana Muzeum Powstania Warszawskiego. Pierwszą nagrodę Muzeum otrzymało w 2006 roku, w kategorii „Miejsce roku”.
10 maja - album Adama Pierończyka „Komeda The Innocent Socerer”, którego Muzeum Powstania Warszawskiego jest współwydawcą, został uhonorowany nagrodą Fryderyka 2011. Album zebrał wiele pozytywnych opinii a sam autor odebrał również nagrodę w kategorii „Muzyk Roku”.
23 maja - film „Miasto Ruin” nagrodzone zostało MUSE AWARD przez Amerykańskie Stowarzyszenie Muzeów. Film stworzony w technice 3D jest jedyną tego typu rekonstrukcją zburzonego miasta.
czerwiec - III Konkurs Literatury Dziecięcej im. Haliny Skrobiszewskiej - wyróżnienie za książkę „Czy wojna jest dla dziewczyn?” Książka została także wpisana na Listę Skarbów Muzeum Książki Dziecięcej.
16 września - Mazowieckie Zdarzenia Muzealne - Wierzba – III nagroda za książkę dla dzieci "Czy wojna jest dla dziewczyn?" w kategorii "najciekawsze wydawnictwo muzealne" – publikacja Muzeum Powstania Warszawskiego i Wydawnictwa Literatura
28 września - Nagroda im. Jerzego Ślaskiego dla Muzeum Powstania Warszawskiego przyznawana przez Światowy Związek Żołnierzy Armii Krajowej.
październik - Wawrzyn Polskiej Turystyki dla Muzeum Powstania Warszawskiego za działalność innowacyjną otrzymało Wawrzyn Polskiej Turystyki przyznane przez Stowarzyszenie Wspierania Rozwoju Turystyki.
14 października - Nagroda Literacka Miasta Stołecznego Warszawy za książkę „Asiunia” Joanny Papuzińskiej
15 grudnia - Pozytywista Roku 2010 – nagroda główna w kategorii "Nauka i edukacja" za działalność edukacyjną na rzecz popularyzacji wiedzy o patriotyzmie i poświęceniu dla wolnej Ojczyzny. Nagrodę przyznała Fundacja Regionalnych Inkubatorów Przedsiębiorczości "Wokulski".
2012
20 stycznia - nagroda "Polski Internet 2011" dla Muzeum Powstania Warszawskiego za stronę www.1944.pl. w kategorii Kultura i Sztuka. Konkurs odbył się pod patronatem Ministerstwa Infrastruktury, Urzędu Komunikacji Elektronicznej i Polskiej Izby Informatyki i Telekomunikacji.
26 czerwca - wyróżnienie w konkursie "Golden Arrow" za mobilna aplikację „Miejsca pamięci - Warszawa '44.” przygotowaną przez agencję Lemon Sky.
13 lipca - Certyfikat Doskonałości za rok 2012 od użytkowników portalu Tripadvisor.com
2013
Nagroda Magellana w kategorii "przewodnik tekstowy" za "Przewodnik po warszawskich blokowiskach" Jarosława Trybusia
Nagroda "Travellers' Choice" od użytkowników portalu Tripadvisor.com
2014
25 marca - Podczas oficjalnej wizyty w Polsce Prezydent Estonii Toomas Hendrik Ilves odznaczył Dyrektora Muzeum Powstania Warszawskiego Jana Ołdakowskiego Orderem Krzyża Ziemi Maryjnej IV Klasy.
18 czerwca - Certyfikat jakości - zwycięzca w roku 2014 od użytkowników portalu Tripadvisor.com
20 sierpnia - Honorowa Odznaka "Za zasługi dla turystyki" przyznana przez Ministerstwo Sportu i Turystyki
26 września - Certyfikat "Najlepszy produkt turystyczny województwa mazowieckiego 2014" przyznany przez Marszałka województwa Mazowieckiego i Mazowiecką Regionalna Organizację Turystyczną
17 listopada - Nagroda "Travellers' Choice" od użytkowników portalu Tripadvisor.com
2015
12 lutego - Nagroda Mobile Trends w kategorii "Firma z najlepszą stroną mobilną" za stronę www.warsawrising.eu >
16 lutego - Golden Reel Award w kategorii "Montaż dźwięku w filmie dokumentalnym" za film "Powstanie Warszawskie"
2 marca - Polskie Nagrody Filmowe ORŁY w kategorii "Najlepszy film dokumentalny" i "Najlepszy dźwięk" za film "Powstanie Warszawskie"
27 kwietnia - podwójne Webby Award za stronę www.warsawrising.eu
18 maja - Nagroda Magellana 2014 za publikację "Mozaika warszawska. Przewodnik po plastyce w architekturze stolicy 1945-1989" autorstwa Pawła Giergonia
13 września - film "Powstanie Warszawskie" został uhonorowany nagrodą główną za osiągnięcia techniczne na Lund International Architecture Film Festival!
30 września - Mazowieckie Zdarzenia Muzealne – WIERZBA: nagroda specjalna za film "Powstanie Warszawskie" i trzy wyróżnienia: za wystawę „Powstanie Warszawskie 1944” zorganizowaną w Berlinie, za wydarzenie „warszawiacy śpiewają (nie)zakazane piosenki” oraz za wydawnictwo „Mozaika warszawska. Przewodnik po plastyce w architekturze stolicy w latach 1945-1989” autorstwa Pawła Giergonia.
2 grudnia - Złote Logo 15-lecia Polskiej Organizacji Turystycznej za promocję Polski zagranicą
2016
maj - Konkurs na Wydarzenie Muzealne Roku „Sybilla” - wyróżnienie w kategorii „Publikacje” dla książki „Architekturki. Powojenne budynki warszawskie” autorstwa Marleny Happach (tekst) i Roberta Czajki (ilustracje). Publikacja otrzymała także European Design Awards: złoto w kategorii „Book & editorial illustration”, wyróżnienie w kategorii „Książki dla dzieci i młodzieży” w 56. Konkursie na Najpiękniejszą Książkę Roku Polskiego Towarzystwa Wydawców Książek oraz była nominowana do Nagrody Architektonicznej Prezydenta m.st.Warszawy.
czerwiec - Honorowe wyróżnienie od kapituły Konkursu „Teraz Polska” dla MPW za promowanie Polski w kraju i za granicą
grudzień - Nagroda Architektoniczna Prezydenta m.st. Warszawy dla Muzeum w kategorii najlepsza rewitalizacja w latach 2001-2014. Muzeum otrzymało także nominacje: w kategorii najlepsza przestrzeń publiczna 2015 roku za Pokój na lato i w kategorii wydarzenie architektoniczne 2015 roku za książkę „ArchiTEKTURKI”
2018
listopad - Złoty Certyfikat POT dla Muzeum Powstania Warszawskiego. Najlepszy Produkt Turystyczny 2018 roku
