W konspiracji od 1940 r., wprowadzony przez "Alego" (Stanisława Huskowskiego) do "Petu" (organizacji młodzieżowej o charakterze samokształceniowo-wychowawczym kierowanej przez
"Rafała" - Stanisława Leopolda), wkrótce został przywódcą jej koła żoliborskiego. Od 1941 r. uczestniczył w akcjach Organizacji Małego Sabotażu "Wawer". 3 maja 1943 r. wziął udział w akcji megafonowej, której - obok "Lota" - był jednym z inicjatorów. Z jego koła żoliborskiego w akcji wziął udział m.in.
"Tadeusz". Chłopcy wykorzystali zainstalowane przez Niemców megafony, przez które codziennie nadawano propagandowe komunikaty wojenne i zarządzenia władz okupacyjnych. Przez odpowiednie przełączenia i zorganizowanie "studia" w mieszkaniu Jerzego Merle przy ul. Krasińskiego 6 nadano na pl. Wilsona krótkie przemówienie do Polaków, polskie marsze wojskowe i Rotę, co wzbudziło radość gromadzących się ludzi, poruszenie wśród Niemców oraz oddźwięk w całej Warszawie. Kiedy późną jesienią 1942 r. wychowankowie "Petu" przeszli do nowo utworzonych Grup Szturmowych "Szarych Szeregów" (sama organizacja została rozwiązana w maju 1943) Jerzy Zborowski został drużynowym drużyny "CR-500", utworzonej przez dawne koło żoliborskie "Petu", w Hufcu "Centrum" (CR), dowodzonym przez Tadeusza "Zośkę" Zawadzkiego. W GS używał pseudonimów "Jurek" i "Jurek Kowalski". 2 lutego 1943 obok "Zośki" Tadeusza Zawadzkiego i "Rudego" Jana Bytnara uczestniczył w ewakuacji mieszkania Jana Błońskiego przy ul. Brackiej 23. 26 marca 1943 r. w głośnej akcji pod Arsenałem ("Meksyk II") był kierowcą samochodu, którym ewakuowano odbitego z rąk Gestapo "Rudego" i rannego w akcji "Buzdygana" (Tadeusz Krzyżewicz - członek sekcji "Sten II"). 20 maja 1943 r. brał udział w akcji odbicia więźniów pod Celestynowem. 26 czerwca 1943 r. dowodził akcją na pociąg pospieszny pod Gołębiem na linii Dęblin-Lublin i za to rozkazem komendanta Kedywu KG AK płk. "Nila", z 2 sierpnia 1943 r. został mianowany starszym strzelcem. Po ukończeniu kursu podharcmistrzowskiego otrzymał 15 sierpnia 1943 r. stopień podharcmistrza (pseud. instruktorski "Kajman Okularnik"). W sierpniu 1943 r. odkomenderowany wraz ze "starszą" drużyną "CR-500" do tworzonego "Agatu" - "Pegaza" - "Parasola" (trzeciej, wydzielonej kompanii OS "Jerzy" - późniejszego baonu "Zośka"). Miał to być oddział specjalny do walki z Gestapo (stąd kryptonim: "Agat" - Anty Gestapo). W ramach rozpoznania przyszłych terenów starć latem 1943 "Jeremi" sporządził wykaz dyslokacji oddziałów Schutzpolizei i Gestapo w Warszawie. Formalnie został mianowany rozkazem
por. "Jerzego" (Ryszard Białous) z 1 września dowódcą kompanii, ale faktycznie był od września 1943 r. zastępcą dowódcy "Agatu" -
kpt. "Pługa" (Adam Borys). W związku z pełnieniem tej funkcji (z końcem września 1943?) mianowany podporucznikiem czasu wojny ze starszeństwem z 11.11.1943 r. Jednocześnie do listopada 1943 r. dowódca I plutonu kompanii "Agat". W "Agacie", "Pegazie" i "Parasolu" używał pseud. "Jeremi". 7.09.1943 r. dowodził likwidacją SS-Oberscharführera Franza Bürkla, znanego z okrucieństwa funkcjonariusza Pawiaka. Od października 1943 r. do maja 1944 r. wykładowca minerki i taktyki dywersji oraz starszy grupy instruktorów w klasie "Aniela" Szkoły Podchorążych Rezerwy Piechoty "Agricola". W kwietniu i maju 1944 r. był tam członkiem komisji egzaminacyjnej. Jednocześnie w pierwszej połowie tego roku kierował kursem dokształcającym dla instruktorów spadochronowych. 1.02.1944 r. po akcji na SS-Brigadeführera Franza Kutscherę dowodził ewakuacją dwóch rannych ("Lota" i "Cichego") ze Szpitala Przemienienia Pańskiego, 4.04.1944 r. dowodził akcją na pośpieszny pociąg urlopowy pod Płochocimem na linii Warszawa-Poznań. 11.07.1944 r. był obserwatorem akcji na SS-Obergruppenführera Wilhelma Koppe. W czasie odwrotu, po zranieniu "Rafała" (Stanisław Leopold) w starciu z Niemcami pod Udorzem, objął dowodzenie nad zespołem. 15.08.1944 r. mianowany harcmistrzem.
